西晋灭亡后不久，宗室子弟琅琊王司马睿便在江南一带重新建立起了新的封建帝国。作为司马氏的后人，司马睿意在恢复西晋往日的辉煌。
同时也是为了赋予自己统治的帝国合法性，于是在选择国号时仍然选择了晋。后世为了方便区分两晋，于是将司马睿在建康开创的晋帝国称之为东晋。
东晋自建立之初就存在着诸多问题，不仅权力结构存在着重大弊病，而且由于常年偏安于江南一地，对外事务上一直处于被动局面。
此时的中原已经被各割据政权分割殆尽，东晋想要一一收回又是难上加难，索性直接修改对外政策，从全面进攻转向防守。
北方割据政权前秦在统一了北方后，率先向东晋发起了全面进攻。东晋派遣谢玄率北府兵与前秦军在淝水展开了决定两国国运的生死大战，结果却出人意料，前秦完败而东晋完胜。
在这场影响天下走势的大战结束后，前秦政权直接走向了崩溃和瓦解。但是获胜的东晋也并没有因此使国祚得以绵延。
公元398年，东晋内部爆发了严重的大型内乱，直接加速了帝国的灭亡进程。
直到公元420年，这个偏安多年的帝国终于走到了其生命的尽头，在刘裕登基称帝的那一瞬间宣告了灭亡。
权力结构存在着严重问题
东晋帝国在建立之初时，其权力结构就有着严重的问题。
由于东晋开国君主司马睿的封地在琅琊，所以在西晋灭亡后，司马睿借助当地士族的力量才能够建立起新的封建帝国，其中贡献最大的便是琅琊王氏。
琅琊王氏的历史十分悠久，早在秦代，琅琊王氏的先祖王翦王贲就已经是朝廷的肱股之臣。
在随后的几个朝代中，都能够发现琅琊王氏在政治舞台上活跃的身影。
再加上琅琊王氏已经在琅琊此地经营几代，势力根深蒂固，十分雄厚，所以辅佐司马睿建立起东晋也并不是什么难事。
但问题是，由于司马睿并没有太大的势力，所以在东晋帝国建立后司马睿许诺与王氏共治天下，一时间形成了"王与马，共天下"的奇特政治景象。
这种情况在古代封建王朝中非常少见，更为罕见的是司马睿竟然是自愿与王氏共分天下，这就为后俩的权力失衡埋下了重要的伏笔。
《东晋'王与马共天下'的独特政治格局解读》一文中也曾经提到：
"'王与马共天下'，不是指裂土分封关系，而是指在权力分配和尊卑名分上与一般君臣不同的关系。王与马的这种名器相予、御床与共的关系，发生在东晋创业、元帝壮年继嗣之时，不是末世权宠礼遇非凡。
也不是阿衡（伊尹）幼主僭越名分一类不正常的情况。"
琅琊王氏的功绩是值得肯定的，毕竟在王氏的辅佐下，东晋帝国才能渡过脆弱的幼稚期。但是随着时间的推移，王氏在东晋内部的势力愈发强大，某种程度上来说已经凌驾于皇帝之上。
王氏兄弟二人将东晋的内政和军事牢牢掌握在手中，成为东晋帝国的实际控制者。而司马睿则更像是一面旗帜，证明这个封建帝国还有一个名正言顺的皇帝坐在龙椅之上。
在笔者看来，东晋灭亡的原因之一便是朝廷的控制权一直被四大家族所垄断。这四大家族的目的都很明确，那就是彻底控制朝廷和皇帝。
由于科举制在当时并没有出现，朝廷想要征辟官员就必须依赖这些世家大族对朝廷进行举荐，这也就导致东晋行政系统中出现了严重的结党营私现象。
在东晋初期，朝廷内外的官员有七成以上都是王氏家族的门生故吏，足可见当时王氏的势力膨胀到了何等地步。
但是这一局面仅仅维持了不长时间就被打破，起因便是王敦之乱。
王敦之乱发生后，陈郡谢氏、颍川庾氏、龙亢桓氏三大家族快速崛起，逐渐接触到晋廷的核心，东晋便形成了被四大家族把持的局面。
这四大家族并无心北伐，不断进行着权力斗争，使东晋陷入了严重的内耗当中，如此东晋又怎能不亡国？
东晋初期权臣王敦画像
帝国内部矛盾激化，爆发了孙恩起义
公元383年，前秦君主苻坚举全国之力南征东晋，本想在淝水之战中一战定乾坤，但却因种种原因将这场"必胜"的战争硬生生输掉了。
淝水之战的胜利无疑使东晋从濒危亡国的关头又重新走了回来，但却并没有因此淝水之战的胜利而使国祚得以绵延。
淝水之战结束后，东晋尚且没有从战争的后遗症中走出来，内部就发生了大规模农民起义，也就是孙恩、卢循起义。
公元398年，东晋宗室成员司马元显为了补充军中残缺不全的兵员建制，于是征发了大量的官奴婢。
五斗米教借此机会掀起了反晋旗帜，一时间得到了帝国各地的普遍响应，起义的浪潮很快就席卷了帝国全境。
司马元显这一政策不但损害了地主阶级的利益，还引起了官奴婢的普遍不满，这才会导致此次起义运动规模如此之大。
晋廷得知起义消息后连忙派遣北府兵奔赴各地镇压，但却并没有起到很好的效果，而帝国内部却日益混乱起来。
桓玄借助这一混乱的局面，加上晋廷无暇关注他，于是突然起兵发难攻向东晋京都建康。
此时晋廷所掌控的最具战斗力的北府兵主力依然在各地平叛，并没有执行卫戍京都的任务.
所以建康城就这样轻轻松松被桓玄所攻破，而桓玄也自然成为东晋的实际控制者。《晋书·桓玄传》中曾经记载：
"玄至新亭，元显自溃。玄入京师，矫诏曰："义旗云集，罪在元显。太傅已别有教，其解严息甲，以副义心。"
又矫诏加己总百揆，侍中、都督中外诸军事、丞相、录尚书事、扬州牧，领徐州刺史，又加假黄钺、羽葆鼓吹、班剑二十人，置左右长史、司马、从事中郎四人，甲杖二百人上殿。"
